Тартиби охирин вақте оғоз меёбад, ки нанотехнологияи Desty Nova Алитаро дар шаҳри шинокунандаи Тифар эҳё мекунад. Асрори сиёҳи шаҳр ба таври бераҳмона фош карда мешавад, аммо ба назар чунин мерасад, ки ин як қисми каме аз ҷаҳоне аст, ки печида аст. Бо ширкатҳои кӯҳна ва нав ба фазо рафтан, то дар бораи гузаштаи фаромӯшшудаи худ ва ба қадри кофӣ омӯхтани Алита, дар ҷустуҷӯи дӯсти гумшудаи худ Лу Коллинз, Алита дар набарди байнисайёравии байни қудратҳои асосии системаи офтобӣ, ки мустамлика буд, дучор ояд. Дар роҳ, вай бо се нафар аз Алитаи Репликаҳо, ки акнун барои худ эътиқод доранд, як суперҳакери номатлуб ва худи Нова иттифоқ мебандад, вақте ки вориди мусобиқаи Zenith Things Tournament (ZOTT), як мусобиқаи мубориза дар ҳар 10 сол мешавад. Аз ҷумла тарзи ба вуҷуд омадани Замин аз зимистони фалокатборе, ки аксарияти мардумро дар тӯли тамоми қисса нобуд кард, таърихи бештар дар бораи гузоштани Батл Ангел Алита, ки дар тори пешин ошкор нашуда буд, нишон дода шудааст.
