Дар соли 2065, Замин дар маркази ҷанг бо ғарибонҳои иловагӣ бо номи Нова қарор дорад. Қувваҳои мусаллаҳ Пандора, духтаронеро таҳия ва таълим медиҳанд, ки метавонанд бофтаи махсуси генетикӣ бо номи Стигмата (Сейкон) -ро истифода баранд, то системаҳо ва малакаҳои силоҳи ҷангии ғайриинсониро нишон диҳанд. Дастгирии Пандора шарикони мардона бо номи Лимитерҳо мебошанд, ки барои маҳдуд кардани озодии рақобати худ ваколатҳои махсуси "яхкуниро" истифода мебаранд.
Ҳар яке аз ин маҳдудкунандаҳо Казуя Аой аст, ки хоҳари марҳумаш Пандора буд. Казуя ҳангоми таҳсил дар Академияи генетикаи Ғарбӣ дар Ҷопон бо як Пандораи қавӣ, Сателлизер эл Бридҷет, ки лақаби Маликаи дастнорас аст, бо услуби дағалона ва афефобияи шадидаш вохӯрд. Сарфи назар аз огоҳиҳои ҳамсинфонаш дар бораи дурӣ ҷӯстан аз Satellizer, вай бо Казуя дӯстӣ мекунад ва хоҳиш мекунад, ки Лимитери вай бошад. Satellizer розӣ аст, ки бо ӯ муошират кунад, гарчанде ки вай ба зудӣ ба рақобати ишқи ошиқӣ бо номи Рана Линчен меафтад, ки бовар дорад, ки Казуя пас аз чанд задухӯрд бар зидди мухолифони коллеҷ дар ивази мавқеъ ва курсҳо ӯро дастгирӣ кардааст. Вақте ки Новаҳо ба коллеҷи худ бо истифода аз Pandoras таҳти назорати онҳо ҳамла мекунанд, то ба лабораторияи зеризаминии муассиса дастрасӣ пайдо кунанд, рақобати онҳо қатъ карда мешавад.
Сателлайзер ва Казуя чанд нафар хонандагони Генетикаи Ғарбро ба лаборатория дар Аляска ҳамроҳ мекунанд, ки дар он ҷо онҳо метавонанд дар якҷоягӣ бо вазифаи Эволютсияи Пандора (E Pandora) кӯмак расонанд, ки ба занони муқаррарӣ имкон медиҳанд, ки трансплантатҳои Стигматро ба Пандора табдил диҳанд. Вақте ки яке аз E Pandoras девона мешавад, дигарон савол медиҳанд, ки оё доруҳои таҷрибавӣ хатарнок нестанд, балки барои итоат кардан ба хоҳишҳои ташкилоти тиҷоратӣ ва инчунин мудир сохта шудаанд. Пас аз дарёфти он, ки то он даме, ки онҳо сарф карда шаванд, онҳо бояд истифода шаванд, E-Pandora Амелия Эванс шӯришро роҳнамоӣ мекунад, ки ба пурра дар Nova Clash афзоиш меёбад.
Казуя дар бораи пайвандҳои оилаи худ бо Нова ва инчунин Пандора бештар маълумот мегирад. Бобои Казуя Генго Аой ҳамон кореро пайдо кард, ки Раъно ва Сателлизерро ба як дастаи беназир бо заноне, ки Валкирис ном дорад, мегузорад. Бо вуҷуди ин, дар тӯли фаъолияти намоишӣ бо Новаи фармоишии тарҳрезишуда, ки муҷаррад аст, аз ҷониби Пандораҳо гумроҳӣ эҳсос карда мешаванд ва инчунин Новаҳои муҷаррад ба легионҳои 100-и Нова табдил меёбанд, ки генетикаро хароб мекунанд. Генго ба ин муқобилият мекунад, ки Пандораҳои афсонавиро, ки аммаҳои Казуя ҳастанд, озод мекунанд. Кӯшиши Чевалиер барои куштори Генго бо истифода аз якчанд маҳкумшудагон Бустерс, вақте ки чанде аз Пандораҳои афсонавӣ ба Новаҳои марговар табдил меёбанд, аммо супориш барҳам мехӯрад.
