Бародарон усули алхимиявии мамнӯъи табдили инсонро иҷро мекунанд, то ӯро ҳангоми марги Триша аз вабо эҳё кунанд. Дар натиҷа, трансмутатсия барҳам мехӯрад ва дар қонун бо мубодилаи баробар пои чап ва тамоми бадани Алфонс Эдвард хароб мешавад. Эдвард дасти росташро аз даст медиҳад, то ҷони Алфонсро наҷот диҳад ва онро бо мӯҳри хун ба либоси зиреҳ пайваст. Рой Мустанг Эдвардро даъват мекунад, ки як усули барқарор кардани ҷисми Алфонс шавад, то аз ҷониби Алхимики давлатӣ таҳқиқ карда шавад. Эдвард пирӯз мешавад, ки мувофиқи узвҳои сунъии худ, алхимияи Fullmetal ном гирифт.
Пас аз се сол, Элрикҳо барои амалӣ кардани ҳадафҳои худ санги афсонавии файласуфро ҷустуҷӯ мекунанд. Марко қайдҳои худро мефиристад, то аз ҷониби онҳо пайдо шавад, аммо онҳо омили муҳимро мефаҳманд, ки воқеан санг қурбонии инсон аст. Дӯсти Мустанг, Мэйс Хьюз, таҳқиқоти худро идома медиҳад, аммо барои дарёфти стратегияҳои Ҳомункулӣ бо як Ҳасад пинҳон карда кушта мешавад.
Элрикҳо бо Изуми дидан карда, мефаҳманд, ки тағирёбии инсон аз ҷониби ӯ дар кӯдаки мурдазоди худ сурат гирифтааст. Гомункули қаллоб Алфонсро забт мекунад, аммо аз ҷониби президенти Аместрис Кинг Брэдли наҷот дода мешавад, ки ҳамчун Гомункул Ғазаб кор мекунад. Ҳамин тариқ, тамаъ дар дохили Падари Ҳомункулӣ об шуда, дубора ҷаббида мешавад. Винри ва Элрикс ба шаҳри марказӣ бармегарданд, то бо Хьюз бираванд, аммо аз марги ӯ огоҳанд. Лейтенант Мария Росс барои куштори Хьюз ҳомӣ шудааст, аммо зоҳиран аз ҷониби Мустанг кушта шудааст. Бо вуҷуди ин, Эдвард мефаҳмад, ки рафтани Росс ба саҳна гузошта шудааст, то ӯро Мустанг аз Иёлоти Муттаҳида ба Синг интиқол диҳад, ки аз ҷониби шоҳзодаи Синг Лин Яо кӯмак кардааст. Хохенхаймро Эдвард дубора ба ҳам мепайвандад, аммо ӯро барои набудани муддати тӯлонӣ дар манзилаш нафрат мекунад.
Ҳангоми пешрафти ҳикоя, бо Ҳомункулӣ бо қаҳрамонон борҳо дучор мешаванд. Мустанг шаҳватро мекушад; Мустанг ва Линг пурхӯриро забт мекунанд, аммо ӯ ҳасадро ба шиками худ ва Эдвард, Линг монанд мекунад. Глуттонӣ Алфонсро барои вохӯрии Падар мебарад, аммо Линг рост ба гомункул табдил меёбад, махсусан аватари навтарини Ҳисс, вақте ки дигарон аз шиками пурхӯрӣ фирор мекунанд. Элрикҳо барои идома додани таъқиби худ озод карда мешаванд, ба шарте ки падар ба онҳо муқобилат накунад.
Ҷойгир кардани нақби зеризаминӣ дар зери Бриггс, генерал Оливье Армстронг Падар ва Элриксро пайдо мекунад, ки як гурӯҳи миллии трансмутатсионӣ таъсис додааст ва ният дорад, ки ба шаҳрвандони худ диҳад, то ӯ тавонист ба худоӣ боло равад. Бозгашти тамаъ ба Падар ва хотираҳои пешинаи ӯ хиёнат мекунад, ки бо баъд аз он ва Эдвард, ёрдамчиёни кимераҳои Кимбли Ҳоэнхайм ҳамкорӣ мекунанд. Ҳоэнхайм ба писаронаш алоҳида ошкор мекунад, ки ӯ миранда нест ва чаҳорсад сол пеш аз ҷониби падар ба санги зиндаи фалсафӣ табдил ёфтааст.
Рӯзи ваъда фаро мерасад ва Падар барои оғоз кардани стратегияи худ бо гирифтани офтоб ва онҳое, ки кӯшиши табдили инсонро ҳамчун қурбонии ӯ муҳим буданд, омода мекунад. Қаҳрамонони гуногун бо ёрдамчиёни Падар ихтилоф доранд ва тамоми Ҳомункули ба охир мерасад. Пас аз як Мустанг маҷбурӣ, инчунин Elrics, Izumi, Hohenheim ҳамчун сабабҳои падар фаъол табдили миллӣ ҷамъоварӣ. Бо вуҷуди ин, Scar ва Hohenheim аместриҳоро фаъол мекунанд, то тавассути чораҳои муқобил наҷот ёбанд. Падар тамаъро вайрон мекунад, гарчанде ки падар дар болои замин рӯ ба рӯ мешавад, дар он ҷо қаҳрамонон бо ӯ меҷанганд, то санги фалсафии худро хароб кунанд.
Алфонс, ки зиреҳи он дар ҷанги охирини зидди Падар тамоман хароб шудааст, рӯҳи худро барои барқарор кардани бозуи рост медиҳад, ки дар навбати худ Санги Падарро хароб карда, ӯро ба дарвозаи эфирии Ҳақиқати Эдвард бармегардонад. Эдвард қудрати худро барои анҷом додани алхимия барои барқарор кардани рӯҳ ва ҷисми Алфонс аз даст медиҳад. Хохенхайм қабрро мебинад, ки дар он ҷо бо табассуми Триша мемирад.
